นายสมัคร สุนทรเวช นายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม กล่าวว่า การที่มีผู้ร้องต่อศาลปกครองกลาง คดีปราสาทพระวิหาร จนศาลมีคำสั่งคุ้มครองชั่วคราวนั้น มีนักวิชาการตั้งข้อสังเกตว่า การเมืองไทยปกติจะมีการคานอำนาจระหว่างอำนาจนิติบัญญัติ บริหาร และตุลาการ
โดยรัฐบาลมีหน้าที่ติดต่อประสานงาน และทำความตกลงกับต่างประเทศ แต่การตัดสินใจของรัฐบาลกลับถูกอำนาจตุลาการก้าวล่วง เหมือนการขัดอำนาจบริหารมากกว่าการคานอำนาจ ยืนยันว่า ตนเองไม่ได้ละเมิดอำนาจศาล แต่เพราะมีนักวิชาการตั้งข้อสังเกตว่า ผู้เคยดำรงตำแหน่งตุลาการหลายคน เคยดำรงตำแหน่งทางการเมือง และไปอยู่ในองค์กรศาล
อย่างไรก็ตามตนเองได้ออกแถลงการชี้แจงแล้ว ว่ารัฐบาลให้ความสำคัญกับคำสั่งคุ้มครองศาลและคำนึงถึงความสัมพันธ์อันดีระหว่างสองประเทศ แต่ทั้งนี้ต้องขึ้นอยู่กับคณะกรรมการมรดกโลก ที่จะต้องเป็นผู้พิจารณา พร้อมย้ำว่า การดึงประเด็นปราสาทพระวิหารมาแสดงความคิดเห็นทำให้เกิดการเผชิญหน้าระหว่างสองประเทศ ทั้งนี้ นายกรัฐมนตรี กล่าวด้วยว่าได้มีการพูดคุยกับนายกรัฐมนตรีกัมพูชา เพื่อทำความเข้าใจและให้ดูแลความปลอดภัยสถานทูตของทั้งสองประเทศแล้ว